تمثل المياه الواردة عبر جنوب السودان لترفد النيل الأبيض، والتي تغذي نهر النيل الرئيسي (15%) من كمية المياه، وما تبقى يأتي عبر النيل الأزرق إضافة الى نهر عطبرة، وقد أغفلت اتفاقية نيفاشا مياه النيل ضمن البروتوكولات الخاصة بتقسيم الثروة، والبلاد تتجه الآن لبرنامج الاستفتاء حول تقرير المصير كأحد مستحقات اتفاقية السلام الشامل يبرز سؤال عن وضعية مياه النيل ما بعد الإستفتاء، وكان خبراء أجمعوا في ندوة سابقة ب (الرأي العام) أن الجنوب يمتلك أراضي خصبة وبه عدة مشاريع بعضها قيد التنفيذ والبعض الآخر يجد أرضية طيبة للاستثمار وبالتالي هذا يحتم وضعية جديدة لدولة جنوب السودان في حال الإنفصال، وأيضاً في حالة الوحدة كجزء من مستحقات التنمية المتوازنة التي تدعو لها الدولة، ويطالب بها الجميع من أجل قفل باب الصراعات ودواعي التهميش. وتعد قضية مياه النيل واحدة من القضايا العالقة التي سيبحثها الشريكان خلال الفترة المقبلة وفقاً للدرديري محمد أحمد، ويقول المستشار القانوني الدكتور أحمد المفتي ل (الرأي العام) لايستطيع أحد أن يتكهن بوضعية المياه في المستقبل، ولكن الحكم يؤسس على القانون الدولي والتجارب السابقة، شريطة أن لا يكون التفاوض عشوائياً أو يقوم في الظلام، وأضاف: إذا كان الحديث حديثاً سياسياً قد تحدث خلافات كبيرة، بحكم أن كل واحد يأخذ بمواقفه ويعمل على رؤيته الشخصية أو طموحه،وهذا يصعب الحل لأن أصل التفاوض غير موضوعي، وأشار المفتي الى التجارب السابقة بين الهند وباكستان، واليمن شماله وجنوبه، وقال: يوغسلافيا تقسمت في بداية التسعينيات ولم تحسم أمورها إلا في العام 2006م، وأن الأمر يحتاج الى خبرات و«طول نفس»، وأضاف: لا أحد ينكر التدخلات الدولية وتأثيرها على التفاوض والاتفاق وواقعها سياسياً واقتصادياً، ولكن هذا التأثير لا يمكن أن يتجرأ ويتجاوز القوانين الدولية بأي شكل من الأشكال، وضرب مثالاً بتراجع أمريكا عند دخولها العراق ورجعوها وتقنينها لعملية الدخول حيث جاء الانتقاد من أقرب الأقربين لأمريكا وهم وزراء عدل الاتحاد الأوربي،وأضاف: التأثير الدولي قد يطول وقد يقصر. واقترح المفتي إعداد استراتيجية تحقق منفعة،بالتأسيس على الحق والعدل كضمان للاستمرارية،ويؤكد (لا أحد يمكن أن يعطي إجابة عن وضعية مياه النيل ما بعد الإستفتاء، وأية إجابة لن تتجاوز التكهنات وقد تصح أو قد تخطئ).من جهته يقول الخبيرالإقتصادي الدكتورعادل عبد العزيزل (الرأي العام): إن موضوع المياه هو أحد الملفات التي ينبغي على شريكي نيفاشا مناقشتها والحسم فيها قبل موعد الاستفتاء في ينايرمن العام المقبل،لأنها تمثل أحد وأهم الموارد الاقتصادية للشمال والجنوب،وبالرغم من أن المياه القادمة من جنوبي السودان الى شماله مكونة لنهر النيل لا تمثل سوى (15%) من مياه النيل، ولكنها في كل الأحوال تبقى عنصراً اقتصادياً مهماً،خصوصاً في ظل الخطط الموضوعة لزيادة إيرادات المياه بالنيل الابيض وتحديداً قناة جونقلي،فضلاً عن أن الأمر يكتسب أهمية إقليمية لتأثيره على جمهورية مصرالعربية وفي حال الانفصال بين الشمال والجنوب -لا قدر الله- فإن الانفصال سيكون من العوامل التي يمكن أن تؤثر على استمرار اتفاقية مياه النيل للعام 1959م بين السودان ومصر،وذلك باضافة دولة جديدة (دولة جنوب السودان) للدول الموافقة على هذا الاتفاق،ويوضح عادل: أن الأمر لا بد أن يناقش وفق الاتفاقية الاقتصادية أوقسمة الثروة بين شريكي نيفاشا، وأن الخيار الأول للسودان هو أن يكون الالتزام من الجنوب باتفاقية 1959م، أو وضع إتفاقية جديدة تتماشى مع الاتفاقية المذكورة والموقعة بين السودان ومصر.