اعتبر مركز كارتر وجود رجال الأمن في جنوب السودان داخل مراكز الإستفتاء له الأثر الترهيبي على بعض الناخبين ، مشيراً إلى أن مساعدة مسئولي الإستفتاء بمراكز الإقتراع للناخبين غير المتعلمين أو ذوي التعليم المحدود قد تقوض سرية الإقتراع . وكشف مراقبو مركز كارتر في مؤتمر صحفي عقد بالخرطوم عن فشل الإجراءات التي قصد منها حل الشكاوي في مراكز الإستفتاء ، وذكر تقرير المركز كارتر أنه باستثناء حوادث قليلة معزولة فإن عملية الإقتراع قد جرت في مناخ سلمي ومنظم خاصة مع توفير مواد الإقتراع وتواجد موظفي المفوضية وبدء الإقتراع في الزمن المحدد. واعلن فريق المراقبين في مركز كارتر عن وصول عدد المسجلين خلال شهري نوفمبر وديسمبر الى أكثر من 3.9 مليون جنوبي للتصويت معظمهم في جنوب السودان والشمال ودول المهجر الثمانية . ولفت مركز كارتر النظر إلى أنه على الرغم من أن التسجيل واجه بعض التحديات الإجرائية اللوجستية والامنية إلا أن عملية التسجيل في عمومها ذات مصداقية ووضعت أساساً متيناً لإقتراع شامل . وكان مركز كارتر قد وصف عملية استفتاء تقرير مصير جنوب السودان بأنها ناجحة ومتسقة بشكل كبير مع المعايير الدولية وان المشكلات التي رصدها مراقبو المركز لا تقوض المصداقية العامة وشرعية عملية الإستفتاء. وكان مركز كارتر قد نشر 72 مراقباً في السودان ومراكز الإقتراع الثمانية خارج السودان في فترة التسجيل فيما نشر 100 مراقب لعملية الإقتراع وتجميع وفرز الأصوات مؤكداً وجوده في السودان حتى إجراء المشورة الشعبية وفي ولايتي جنوب كردفان والنيل الازرق