بينما كانت الحركة الإسلامية تعقد اجتماعاتها التحضرية للمؤتمر التنشيطي النصفي، كانت هناك مجموعات أخرى تعمل على نشر أخبار وآراء تؤكد وجود خلافات محورية بين الحركة والحكومة، وقد ذهبوا لأبعد منطقة، حينما أكدوا وجود خلافات بين رئيس الحكومة المشير عمر البشير وبين قيادات الحركة الإسلامية وأوصلوها لدرجة إمكانية حدوث انقلاب عليها يوقف نشاطها نهائياً، إلا أن الحركة ظلت تؤكد أنها الداعم الأساسي للحكومة، بل أنها صاحبة فكرة التغيير التي ترجل على خلفيتها كل قياداتها، وتركوا الفرصة لآخرين دون أن تحدث أية مشاكل أو خلافات، وقد أكد ذلك الالتزام بقرارات الحركة والحزب وبالتالي الحكومة. ويبدو أن من يحاولون إطلاق تلك الشائعات حول المؤتمر التنشيطي لا يعلمون أنه خالي من أي بنود إجرائية، وإنما هو خطوات تنظيم لمسيرة الحركة، وأنه أحد الترتيبات الطبيعية التي تحدث في اي كيان يعقد مؤتمراته العامة بصفة طبيعية، ولما كان هذا الشيء مفقود في كل الكيانات الحزبية أو المرجعية السودانية، ظناً من البعض أن هذا المؤتمر يمكن أن يعزل هذا أو يأتي بذاك. وقد قطع المشير عمر البشير رئيس الجمهورية ورئيس الهيئة القيادية العليا للحركة الإسلامية السودانية الطريق أمام هولاء بعد مخاطبته للجلسة.. الافتتاحية للمؤتمر التنشيطي النصفي للحركة الإسلامية، والذي أكد فيه أن الدولة ماضية في الإصلاح والسلام.. مشيراً الى أن الحوار الوطني سيفضي الى نتائج ستعزر من وحدة البلاد وأمنها.. وقال إن العلاقات الخارجية قد شهدت تطوراً ملحوظاً سينعكس إيجاباً على أوضاع البلاد الاقتصادية.. سيما وأن هناك عدة اتفاقيات تم توقيعها مؤخراً، وأضاف البشير قائلاً إن البناء الحقيقي يكمن في البناء الفكري والثقافي للمجتمع. ولم يبعد رئيس شورى الحركة الأستاذ مهدي ابراهيم عن حديث المشير، حيث أشاد في كلمته أمام المؤتمرين بمواقف قيادات الحركة من الصف الأول، الذين تجردوا عن السلطة، وإتاحة الفرصة للجيل الجديد دون أن تحدث اية مشاكل أو خلافات كان يمكن وصفها بأنها عادية لمن يغادر مثل تلك المناصب التي غادروها. وبذا تكون الحركة الإسلامية قد أكدت عملها بصورة مثالية، وأنها تجاوزت خلافات الماضي، وأنها تستطيع الربط بينها وبين الحزب والحكومة.