حمل زعيم حزب الامة القومي مسؤولية اجماع الجنوبيين على المطالبة بحق تقرير المصير الذي سيؤدي الى انفصال الجنوب، لانقلاب 30 يونيو 1989، الذي تبنى الهويتين العربية والاسلامية، وطالب الحكومة بالاهتداء بدولة المدينة التي ارساها النبي محمد «صلى الله عليه وسلم». وقال المهدي، لدى مخاطبته المصلين في افتتاح مسجد الفاروق بضاحية الكلاكلة جنوبي الخرطوم، ان الجنوبيين اجمعوا لاول مرة بواشنطن على حق تقرير المصير في أكتوبر 1993م بسبب انقلاب يونيو 1989م، الذي قال ان هوية السودان اسلامية عربية دون مراعاة لوجود آخرين. واشار المهدي الى ان اتفاقية السلام نصت على جعل الوحدة جاذبة لكنها في الحقيقة جعلت الانفصال جاذباً بموجب أربعة أسباب: قسمت البلاد جغرافياً على أساس ديني، خصصت للجنوب 50% من بتروله ما جعل الجنوبيين يميلون للانفصال للاحتفاظ بالبترول ، وتبنى حزبا الشراكة في الحكم نهجين متناقضين أحدهما التوجه الحضاري أي الاسلامي العربي، والثاني السودان الجديد أي العلماني الأفريقاني. واضاف ان المطالبة بتقرير المصير والانفصال لم يكونا حتميين وكان يمكن تجنبهما لولا اتباع سياسات اقصائية خاطئة. وطالب رئيس حزب الامة الحكومة بالاستهداء بما فعله النبي «صلى الله عليه وسلم» في المدينة عندما كتب صحيفة المدينة التي ساوت بين كافة سكان المدينة في الالتزام بالدفاع عن المدينة والمساكنة السلمية، وتركت للناس حكماً ذاتياً ، فيما يتعلق باتباع أديانهم من عبادات وأحكام وادارة شئونهم المالية، مؤكدا ان تعدد القوانين في المجتمع المسلم وارد. ودعا للاعتراف بالتنوع الديني والاثني والثقافي في المجتمع، بجانب اعمال المساءلة، والشفافية، وسيادة حكم القانون. واضاف المهدي، ان كثيرين يعلنون الانتماء للاسلام لاستحلال السلطة وحال استيلائهم عليها باسم الاسلام يغيبون فرائض الاسلام السياسية والاجتماعية التي توجب المشاركة في ولاية الأمر ، والمساءلة لولاة الأمر، والشفافية في ادارة الأمر، بجانب تغييب فرائض الاسلام الاقتصادية التي توجب توفير المعايش للناس في مجتمع الكفاية والعدل، واكد «لا اسلام بلا حرية وبلا عدالة وبلا مساواة بين الناس» وتابع «لا لاسلام الدولة البوليسية».