بحسب مصدر أبلغ (السوداني) فإن الخطوة تأتي في إطار الإصلاح الإداري والخاص بتفعيل الوزارات بشكل أكبر، استجابة لمطلوبات عملية إصلاح أجهزة الدولة وتماشياً مع مطلوبات المرحلة من أجل تعزيز الإيجابيات بالوزارات المستهدفة بالتغيير في منصب الوكيل. فرضت مقررات الحوار الوطني واقعاً جديداً، تطابق مع برنامج إصلاح الدولة، ولذلك أصدر النائب الأول رئيس مجلس الوزراء الفريق أول بكري حسن صالح قراراً بتشكيل لجنة فنية لتنفيذ توصيات برنامج الإصلاح ومقررات الحوار برئاسة الأمين العام لمجلس الوزراء وعضوية اللجان الفنية للقطاعات الوزارية بمجلس الوزراء ووكيلي ديوان الحكم الاتحادي والعدل وعضوية آخرين. اللجنة تختص بمتابعة تنفيذ الإصلاح ومقررات الحوار ومتابعة تنفيذ اللجان الوزارية، فضلاً عن تصنيف توصيات الحوار وإعداد التقارير الفنية اللازمة للجنة العليا، كل ذلك العمل الكبير حلقة الوصل فية وكلاء الوزارات، مما يتطلب وكلاء بمواصفات إدارية عالية، وأصحاب خبرة. العلاقة مع الوزراء برز اتجاه تغييرٍ وسْط وكلاء الوزارات منذ فترة، خاصة أن حكومة الوفاق الوطني برئاسة بكري حسن صالح أكملت أكثر من أربعة أشهر، وتمت قراءة أداء الوزارات مما يمكن القائمين على استخلاص نتيجة نهائية لتقييم أداء الوكلاء. لكن الأمر الأكثر أهمية أن طبيعة علاقة وكيل الوزارة بالوزير ووزير الدولة، أفرزت واقع التغيير المحتمل، خاصة أن بعض الوزارات شهدت تغييرات متكررة في منصب الوكيل مثل وزارة الزراعة والتي في غضون الثلاث سنوات الأخيرة مر عليها ثلاثة وكلاء (بهاء الدين محمد خميس، ثم المهندس علي قدوم الغالي الذي أُعفي في أواخر مارس الماضي وخلفه د. بدر الدين الشيخ محمد). كذلك فإن بعض الوزراء أبدوا ملاحظات حول أداء الوكلاء، إما لعدم الانسجام والتوافق أو تباعد الرؤى حول القضايا الرئيسة خاصة أن رئيس الوزراء كثّف من متابعته لأداء الوزراء، مما جعلهم يتحسسون مقاعدهم، وذهب بعضهم في اتجاه أن الوكيل بالوزارة قد يعرقل العمل مما يحرج الوزير أمام رئاسة مجلس الوزراء. ثمة أمر المقياس الحقيقي للتوافق داخل كل وزارة بين الوزراء والوكيل يحددها ما يلي كل وزارة من برنامج إصلاح الدولة، ومدى استيعاب الوكيل للبرنامج وإمكانية دعمه للوزير في إنفاذ البرنامج. خلافات مكتومة (السوداني) تحصلت على معلومات مفادها وجود خلافات بين الوزير والوكيل في عدد من الوزارات، خاصة الوزارات التي قدم إليها وزراء جدد أو الذين يستوزرون لأول مرة، ومرد حالة عدم التوافق هذه تدخلات غير مباشرة من جانب الوزراء في مهام أصيلة للوكلاء إما لجهل الوزراء ببعض أمور العمل في الخدمة المدنية، أو لحرص من بعضهم على الوقوف على تفاصيل العمل أو تحسباً لتفادي التوريط في أيِّ ملف قد يُعرِّض الوزير المعني لمساءلة أمام رئيس الوزراء. (السوداني) علمت من مصدر موثوق أن وزراء ينتمون للمؤتمر الوطني، تقدموا بطلبات شفاهية لجهات عليا، بهدف تغيير الوكيل، بينما وجد بعض الوكلاء صعوبة في التعامل مع وزراء شركاء للمؤتمر الوطني. لكن رؤية القيادة في التغيير تذهب في اتجاه تقوية العمل بالوزارات بالدفع بعناصر أكثر كفاءة وفاعلية، مواكبة لمتغيرات المرحلة، إلى جانب تنفيذ خطة جديدة للحكومة خاصة بمحاربة (البيروقراطية) من بطء ظل ملازماً لأداء عدد من الوزارات. واختيار وزراء لهم القدرة على الإسهام في بناء استراتيجية قومية تنبع منها خطة الدولة على هدى توصيات الحوار الوطني، والإصلاح الشامل لأجهزة الدولة، وروح المؤسسية. تغيير ممرحل من المتوقع أن تقوم الحكومة بإجراء التغييرات وسط الوكلاء بشكل ممرحل، إذ أنه لم يسبق أن قامت الحكومة بإجراء تغييرات دفعة واحدة أسوة بما يتم مع الوزراء، فالمتتبع لتعيين الوكلاء يلحظ أنه يتم على دفعات، فعلى سبيل في العام 2014 طال التغيير وكيلي الزراعة إذ تم تعيين بهاء الدين خميس للزراعة وحامد يوسف آدم لوزارة الإرشاد والأوقاف. وجاء بعدهما مصطفى حولي بقرار رئاسي منفصل وكيلاً للمالية وكذلك بروفيسور أزهري عبد الباقي وكيلاً للتعليم العالي. بينما شهد العام 2015 تغييرات واسعة وسط الوكلاء في فترات متفاوتة. وعُيِّن في شهر أغسطس طارق حاج علي الأمين وكيلاً لوزارة شؤون رئاسة الجمهورية؛ بينما حمل قرار منفصل من ذات الشهر تسمية، الطاهر سليمان إيدام وكيلاً لوزارة التعاون الدولي ود.عادل أحمد كرداوي وكيلاً لوزارة تنمية الموارد البشرية. عين الرئيس في نوفمبر 2015 كلاً من د.علي محمد خير وكيلاً لوزارة الضمان والتنمية الاجتماعية والمهندس إبراهيم فضل الله عبد الله وكيلاً لوزارة النقل والطرق والجسور.